Sehingga 2013, tidak ada klasifikasi jelas makanan yang diubahsuai secara genetik, dan klasifikasi yang berbeza boleh dibuat mengikut piawaian yang berbeza mengikut amalan.
Menurut sama ada makanan yang diubahsuai secara genetik mengandungi sumber yang diubahsuai secara genetik sebagai standard, ia boleh dibahagikan kepada tiga jenis berikut:
(1) Makanan yang diubahsuai secara genetik yang tidak mengandungi makanan yang diubahsuai secara genetik merujuk kepada makanan yang diperoleh daripada organisma yang diubahsuai secara genetik, tetapi produk itu sendiri tidak mengandungi sebarang gen yang dipindahkan.
(2) Makanan yang diubahsuai secara genetik mengandungi bahan-bahan yang diubahsuai secara genetik, tetapi ciri-ciri mereka telah diubah semasa pemprosesan, dan gen aktif yang dipindahkan tidak lagi wujud dalam makanan yang diubahsuai secara genetik.
(3) Makanan yang diubahsuai secara genetik mengandungi komponen genetik aktif. Selepas orang makan organisma atau makanan yang diubahsuai secara genetik, gen yang dipindahkan dan gen organisma yang wujud akan menjejaskan tubuh manusia.