Gen dengan fungsi khas "terapung" dengan strain tumbuhan liar yang serupa, menjadikannya tahan terhadap racun hidu dan sukar dikawal; atau menyebabkan perosak menghasilkan antibodi terhadap racun serangga. Di samping itu, beberapa makhluk kecil mungkin pupus selepas makan tumbuhan yang diubahsuai secara genetik dengan fungsi insecticidal. Para penyokong menegaskan bahawa pengeluaran pertanian itu sendiri adalah aktiviti yang membahayakan alam sekitar, dan tanaman yang diubahsuai secara genetik tidak akan menyebabkan lebih banyak kerosakan kepada alam sekitar berbanding pertanian tradisional. Tumbuh-tumbuhan mempunyai keupayaan untuk menentang serangga, dan petani boleh mengurangkan penyemburan racun serangga, yang memberi manfaat kepada alam sekitar dan perlindungan biologi.
Pertikaian sedemikian tidak mudah untuk membuat kesimpulan dalam masa yang singkat. Kontroversi mengenai tanaman yang diubahsuai secara genetik perlu dikatakan sebagai fenomena biasa. Pertama sekali, varieti yang baru dibangunkan sendiri tidak sempurna, dan kesan pertengahan hingga jangka panjang mereka pada tubuh manusia dan alam sekitar tetap dapat dilihat. Orang ramai menyatakan kebimbangan mereka atas sebab-sebab yang sah. Kedua, akan sentiasa ada beberapa orang konservatif yang tidak digunakan untuk produk teknologi baru dan enggan menerimanya. Kemudian terdapat kesan konflik perdagangan kepentingan. Kerajaan dan kumpulan kepentingan sesetengah negara menggunakan kecukupan makanan yang diubahsuai secara genetik untuk melawan perang perdagangan, menjadikan perkara lebih rumit.