Patogen adalah istilah kolektif untuk mikroorganisma dan parasit yang boleh menyebabkan penyakit. Mikroorganisma merangkumi sebahagian besar, termasuk virus, chlamydia, rickettsia, mycoplasma, bakteria, spirochetes dan kulat; parasit terutamanya termasuk protozoa dan cacing. Patogen adalah organisma parasit, dan tuan rumah semulajadi parasit adalah haiwan, tumbuh-tumbuhan dan manusia. Terdapat lebih daripada 400 jenis mikroorganisma yang boleh menjangkiti manusia, dan mereka hadir secara meluas dalam mulut manusia, hidung, pharynx, saluran pencernaan, saluran urogenital dan kulit.
Semua orang boleh dijangkiti oleh lebih daripada 150 jenis patogen dalam kehidupan mereka. Di bawah keadaan fungsi imun manusia biasa, mereka tidak akan menyebabkan penyakit, dan ada juga yang bermanfaat kepada tubuh manusia. Sebagai contoh, flora usus (E. coli, dan lain-lain) boleh mensintesiskan pelbagai vitamin. Kewujudan flora ini juga boleh menghalang pembiakan beberapa bakteria patogenik yang lebih banyak, jadi mikroorganisma ini dipanggil mikrobiota biasa (flora normal). Tetapi apabila imuniti badan dikurangkan, keseimbangan antara manusia dan mikroorganisma Adalah Apabila dimusnahkan, flora biasa juga boleh menyebabkan penyakit, jadi mereka juga dipanggil patogen bersyarat (patogen bersyarat). Sama ada badan diserang oleh patogen atau tidak, di satu pihak, berkaitan dengan imuniti sendiri, sebaliknya, ia juga bergantung kepada patogen patogen dan bilangan pencerobohan. Secara amnya, semakin besar jumlahnya, semakin besar kemungkinan penyakit. Khususnya, patogen dengan patogen yang lebih lemah memerlukan jumlah yang lebih besar untuk menyebabkan penyakit. Beberapa mikroorganisma agak patogenik dan boleh menyebabkan penyakit dengan jangkitan cahaya, seperti wabak, cacar, dan rabies.