Mereka yang menentang makanan yang diubahsuai secara genetik melibatkan pelbagai kumpulan minat, dari Greenpeace kepada persatuan petani ke gereja-gereja Kristian, dan sebagainya. Pembangkang mereka tertumpu di tiga kawasan:
Pertama, pengubahsuaian genetik adalah bertentangan dengan alam semula jadi dan oleh itu berbahaya. Para penyokong retorted bahawa tanaman hari ini tidak lagi jenis primitif, jika tidak, sayur-sayuran yang orang makan harus sama dengan rumput yang haiwan makan.
Kedua, selepas gen dengan rintangan racun kandung atau fungsi pembunuhan makhbur toksik diperkenalkan ke dalam tumbuh-tumbuhan, adakah makanan yang mereka berikan selamat untuk manusia? Sebagai tindak balas kepada ini, penyokong menekankan bahawa sehingga kini, tiada institusi penyelidikan yang berkelayakan telah menemui bukti bahawa makanan yang diubahsuai secara genetik membahayakan kesihatan manusia, tetapi kesan jangka panjang mereka hanya boleh disimpulkan, dan sukar untuk mendapatkan bukti yang komprehensif untuk meyakinkan orang ramai.
Ketiga, adakah mungkin promosi tumbuhan yang diubahsuai secara genetik terlalu tersiat menjejaskan pertanian dan persekitaran ekologi? Promosi tanaman yang diubahsuai secara genetik yang tahan terhadap racun kandang boleh menggalakkan petani untuk menggunakan racun nyah kubah, dengan itu membahayakan atau bahkan kepupusan beberapa tanaman bukan utama. Ramai petani di negara membangun telah menggunakan tanaman bukan utama seperti makanan tambahan atau sebagai makanan. Pentadbiran Perikanan dan Hidupan Liar A.S. telah mendapati bahawa 74 spesies tumbuhan terancam dengan kesan racun kandang.