Aglomerat dan deposit yang terbentuk oleh akar tanaman, semut, anai-anai, cacing tanah, dan haiwan tanah besar lainnya telah membuat saluran, liang, dan membentuk aglomerat dan deposit yang sangat mempengaruhi keadaan air dan gas di dalam tanah. Memperbaiki persekitaran tempat tinggal mikro adalah asas untuk mengekalkan struktur tanah pertanian dan perhutanan. Pengenalan gangguan biologi kadang-kadang bermanfaat untuk menguraikan bahan pencemar organik di dalam tanah.
