Walaupun elektrophoresis gel dua dimensi (2-DE) adalah kaedah yang biasa digunakan untuk menganalisis keseluruhan proteome, ia mempunyai batasan seperti keupayaan pemisahan terhad, kesan diskriminasi, dan prosedur operasi yang rumit. Ia sering sukar untuk mendapatkan keputusan yang memuaskan untuk analisis julat dinamik yang besar, banyak yang rendah dan protein hidrofobik. Chong et al. menggunakan spectrometry HPLC / massa untuk membandingkan dan menganalisis ungkapan pembezaan protein pra-malignan dan kanser. Protein telah dipisahkan oleh HPLC, dan pecahan yang dikumpul telah dikenalpasti oleh MALDI-TOF-MS, supaya protein dianalisis secara kuantitatif dalam ungkapan pembezaan dua jenis sel. Sebagai teknologi pemisahan yang baru, kromatografi cecair multidimensi tidak mempunyai batasan jisim molekul relatif dan titik isoelektrik. Melalui gabungan mod yang berbeza, ia menghapuskan kesan diskriminasi elektrophoresis gel dua dimensi. Ia mempunyai ciri-ciri kapasiti puncak yang tinggi dan automasi mudah. Kromatografi fasa dua dimensi (2D-IEC-RPLC) adalah sistem pemisahan kromatografi cecair pelbagai dimensi yang paling biasa digunakan dalam penyelidikan proteomik.
