Proteomik memberi tumpuan kepada penerangan dinamik peraturan gen, penentuan kuantitatif tahap protein ekspresi gen, pengenalpastian kesan penyakit dan ubat-ubatan pada proses kehidupan, dan penjelasan mekanisme peraturan ekspresi gen. Sebagai sains, penyelidikan proteomik bukan dari sifar Pada mulanya, ia adalah lanjutan daripada profil protein (peptida) dan teknologi pemetaan produk gen yang telah digunakan selama lebih daripada 20 tahun. Pemetaan peptida bergantung kepada elektrophoresis gel dua dimensi (2-DE) dan analisis imej selanjutnya; dan gen Profil produk bergantung kepada pelbagai analisis selepas pemisahan, seperti spectrometry massa, analisis komposisi asid amino, dan lain-lain.
Oleh kerana kewujudan penyuntingan pembolehubah dan penyuntingan RNA, banyak gen boleh menyatakan pelbagai protein yang berbeza. Oleh itu, kerumitan proteome jauh lebih tinggi daripada kerumitan genom.
Jika keseluruhan urutan genom spesies telah diputuskan, ia tidak bermakna bahawa proteome spesies itu juga telah diputuskan. Analisis khusus produk protein gen harus ditentukan dengan mengubah suai dan mengawal paras genom, tahap transkripsi dan tahap penterjemahan secara komprehensif.