Penapaian mikrob merujuk kepada proses menggunakan mikroorganisma untuk menukar bahan mentah menjadi produk yang diperlukan oleh manusia melalui laluan metabolik tertentu di bawah keadaan yang sesuai. Tahap pengeluaran penapaian mikrob terutamanya bergantung kepada ciri-ciri genetik dan keadaan budaya ketegangan itu sendiri.
